8 сентября 1991 года в Азербайджане прошли первые всеобщие президентские выборы, победу на которых с 98,5% голосов одержал Аяз Муталибов. В бюллетени была внесена лишь одна кандидатура, поскольку другой кандидат — лидер социал-демократов Зардушт Ализаде за неделю до выборов отказался от участия в них.
На посту главы государства Муталибов столкнуся с резким обострением ситуации в зоне карабахского конфликта.
6 марта 1992 года после неудач азербайджанской армии в Нагорном Карабахе и под давлением Народного фронта Азербайджана (НФА) Муталибов подал в отставку. Исполняющим обязанности президента стал Якуб Мамедов. Верховный Совет Азербайджана принял специальный закон, устанавливающий для Аяза Муталибова пожизненную пенсию с последующей индексацией, выделения для него охраны в количестве десяти человек, служебной машины и дачи, а также объявляющий личность и имущество первого президента неприкосновенными.